Getreide enthält Phytinsäure. Phytinsäure hemmt die Aufnahme von Mineralien im Darmtrakt. Getreide enthält auch Enzymhemmer und Antinährstoffe wie Pektine, die die Darmschleimhaut schädigen. 

Eine Ernährung, die reich an unsachgemäß verarbeitetem modernen Getreide ist, kann zu Mineralstoffmangel, Verdauungsstörungen, und Allergien führen.

Phytinsäure, Enzyminhibitoren, Pektine und Gluten können alle stark reduziert oder vollständig neutralisiert werden, wen sie eingeweicht, gekeimt oder fermentiert werden.

Ein weiterer positiver Effekt des Sauerteigs ist die Wertigkeit des Eiweißes. Durch die Fermentation des Getreides steigt der Gehalt der essenziellen Aminosäure Lysin an. Dadurch ist Sauerteigbrot ein ausgewogeneres Grundnahrungsmittel mit einem besseren Eiweißprofil. Außerdem macht Sauerteig Mineralstoffe und Vitamine besser verfügbar.

Durch die gebildete Milchsäure sinkt der glykämische Index des Gebäcks. Folglich steigt der Blutzuckerspiegel nach dem Verzehr von Sauerteigbrot langsamer als bei nicht gesäuertem Brot.